臺灣珊瑚生態豐富，坐擁許多國際級海洋生態和景觀，然而，缺乏有效管理的海洋保護區，正導致這些珍貴生態瑰寶逐步流失，綠色和平在今年 7到8月，走訪屏東小琉球、澎湖南方四島及臺東三仙台，展開珊瑚生態調查，並結合「船舶自動識別系統」（AIS），研究漁船帶來的生態壓力，結果發現，這三地海域因缺乏有效漁業管理，法規漏洞導致執法困難，造成漁業資源枯竭、珊瑚生態持續衰退，面臨漁業、觀光與生態三輸的巨大挑戰。
 
綠色和平海洋專案發言人邱聰榮指出，本次調查顯示，這些珊瑚生態系正急速衰退中，不僅珊瑚覆蓋率下降、魚類資源枯竭，更導致生態鏈不穩定的風險增加。海洋保育法三讀通過已逾一年，海保署應加速落實行動，將強而有力的漁業管理立即納入海洋保護區核心設計，才能止住生態崩潰，守住臺灣得天獨厚的海洋景觀。

邱聰榮指出，經交叉分析三地的 AIS 數據與水下珊瑚生態監測結果後發現，漁船活動頻繁的區域，其水下珊瑚衰退程度相對嚴重，兩者呈現正相關。然而，珊瑚生態較差的小琉球和澎湖南方四島，竟都屬現行的海洋保護區，許多漁船活動值卻遠高於尚未被劃入海保區的三仙台；此外，官方相關數據也凸顯執法量能不足的隱憂。2024 年，小琉球海保區內共發生 291 件違規，卻無一件結案，更不用說處分；南方四島國家公園則有 148 件，僅 57 件獲處分，處分率不到半數。更令人擔憂的是，該園全區僅配置 3 名巡守隊成員，每人平均負責 118 平方公里，相當於 454 座大安森林公園。

長期關注澎湖海洋生態的海洋公民基金會執行長王曉嬋也表示，南方四島國家公園既然定位為海洋型國家公園，扮演種原庫的角色，就應該享有最嚴格的管理與保護，在未來的南方四島國家公園通盤檢討應強化漁業管理、提升執法與監控能量，不要讓違法者有機可乘，最重要的是要落實執法，否則一切只是空談。

國立臺東大學生命科學系助理教授兼臺灣珊瑚礁學會常務監事段文宏則說，根據科學研究，過度捕撈是全球珊瑚礁最廣泛的威脅之一，特別是草食性魚類扮演關鍵角色，能抑制藻類過度生長，維持基質開放性，為珊瑚復育創造條件。當這些魚群因捕撈而減少，藻類往往迅速擴張，使珊瑚難以恢復，進而降低整體生態韌性。

針對臺灣珊瑚衰退問題，綠色和平呼籲海委會優先將漁業管理納入海洋保護區規劃，並利用《海保法》儘速將小琉球、南方四島及三仙台劃為海洋庇護區，整合漁業署、觀光署、海保署及地方政府，合力限制破壞性活動、有效落實海洋保育。